Воспитание - процесс двусторонний. Именно поэтому в нашем учебном заведении огромную роль играют различные формы ученического самоуправления. Работа классных коллективов (Союзов) ведется под руководством Президиума «Молодая гвардия», избирающегося ежегодно (в сентябре) из числа наиболее авторитетных учащихся путем тайного голосования. В работе Президиума используется система поручений (различных направлений деятельности). Дисциплинарный орган школьного ученического самоуправления - Штаб порядка, который также избирается ежегодно. Научным лицейским обществом (НЛО) руководит Совет НЛО, избирающийся ежегодно из числа учащихся. В ЦО работают клубы, в рамках которых организуется внеурочная деятельность и дополнительное образование: «Клуб веселых человечков» (1-4 классы), «Кибальчиш» (5-7 классы), «Бригантина» (8-11 классы), «Вертикаль» (5-11 классы).
Основной единицей воспитательной системы Центра является классный коллектив - Союз. В каждом Союзе существует актив, который возглавляют Президент Союза (ответственный за учебную работу) и Председатель Союза (ответственный за внеклассную работу).
Такой системный подход к организации ученического самоуправления позволяет достичь высоких результатов. Президиум «Молодая гвардия» и активы Союзов принимают непосредственное участие в подготовке и проведении общешкольных дел по всем направлениям воспитательной работы. С активом школы проводятся еженедельные информационные совещания (Генштаб). Школой актива в течение 40 лет (с 1965 года) является летний палаточный лагерь «Бригантинск».
Воспитательную деятельность в Центре образования регламентируют следующие локальные акты:
Кодекс классного руководителя-наставника, функциональные обязанности классного руководителя-наставника, функциональные обязанности заместителя директора по воспитательной работе
Положение о Президиуме «Молодая гвардия»
Положение о Штабе порядка
Положение о Союзе, Положение о работе Председателя в Союзе, Положение о работе Президента в Союзе, Положение о дежурном Союзе
Положение о клубах («Клуб веселых человечков», «Кибальчиш», «Бригантина», «Вертикаль»)
Положение о Школе творчества
Устав летнего палаточного лагеря «Бригантинск»
Положение о музее Героической истории России, концепция развития школьного музея Героической истории России
Положение о Лицейском научном обществе
Положение о порядке присвоения звания «Лучший гимназист», «Лучший лицеист», Положение о порядке награждения «Поручительством чести».